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La cytométrie en flux appliquée à ce domaine, est une technique de mesure pour caractériser les populations de phytoplancton et bactérioplancton en termes de classification de groupes fonctionnels et d’abondances. Ces populations de micro-organismes représentent un chainon essentiel du réseau trophique, de la production d’oxygène et du cycle du carbone et des éléments biogènes associés. Ils sont aujourd’hui fortement affectés par le changement global induit par les activités anthropiques.

Piloté par Gérald Grégori (MIO, CNRS), la 1ère étape du CES « Cytomérie en flux » sera tout d’abord de réunir et fédérer les acteurs qui produisent et utilisent cette technique, pour définir, diffuser et appliquer des protocoles standardisés de calibrage des instruments (cytomètres) et d’analyse de données qualifiées.  Le pôle Océan ODATIS apportera également son soutien au CES pour aider à appliquer les principes FAIR et harmoniser les chaînes de traitement.