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Outils web pour la valorisation de données de biodiversité marine

Un stage accueilli par la Station Biologique de Roscoff s'est attaché à la valorisation et la visualisation des données marines, benthiques et planctoniques dans des SNO Phytobs et Benthobs avec le développement d'outils web.

Fatima Ezzahraa El Houjjaji a terminé son stage à la Station Biologique de Roscoff, financé par l’infrastructure de recherche littorale et côtière IR ILICO, avec l'objectif de développer des outils web permettant de mettre en valeur les données de biodiversité marine produites par les Services Nationaux d'Observation (SNO) PHYTOBS et BenthOBS, d'améliorer leur accessibilité et leur visualisation, et de faciliter leur utilisation dans la recherche et la prise de décision. Ce rapport de stage est accessible sur le site de l'IR ILICO.

Les SNO PHYTOBS et BenthOBS sont des services nationaux labellisés de l'IR ILICO; le SNO PHYTOBS est dédié au suivi des communautés microphytoplanctoniques marines et le SNO BenthOBS au suivi des communautés macrozoobenthiques marines.

L'objectif est de répondre aux besoins des producteurs de données en offrant des extractions granulaires, des représentations graphiques avancées et une interopérabilité des données. Ces outils permettront de mieux comprendre l'état de la biodiversité marine, d'identifier les tendances et les changements dans les populations de phytoplancton et les communautés benthiques. En respectant les principes FAIR, ce projet vise à rendre les données facilement trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables pour les producteurs et les utilisateurs de données et contribuant ainsi à leur valorisation.

Tableau de bord composite ciblé sur Roscoff SOMLIT-Astan, diagramme des taxons, histogramme de chlorophylle — Tableau de bord composite ciblé sur les données du point d'échantillonnage Roscoff SOMLIT-Astan, sous la carte qui met en évidence les données disponibles pour le site Roscoff SOMLIT-Astan, et de haut en bas : diagramme représentant les abondances d'une sélection de taxons labellisés les plus abondants dans les échantillons prélevés entre 2005 et 2019 ; histogramme de la teneur en Chlorophylle A dans les mêmes échantillons.

Tableau de bord à Rivière de Morlaix avec espèces les plus abondantes de la macrofaune benthique et histogramme de la granulométrie — Tableau de bord montrant, de haut en bas : les espèces les plus abondantes de la macrofaune benthique au point d'échantillonnage Rivière de Morlaix sur la période 2010-2020 ; un histogramme permettant la comparaison des mesures de granulométrie sur la même période aux points d'échantillonnage Rivière de Morlaix et Pierre Noire.

Le projet de développement de ces outils web pour la valorisation de données marines s'est construit selon deux parties distinctes, la 1ère répondant à un besoin d'extraction et transformation des données pour les intégrer dans des portails et la 2nde répondant à un besoin de visualisation des producteurs de données:

Mise en place d'un flux de données à travers le développement d'une API permettant l'extraction des données de la base de données et leur transformation en différents formats dont les formats JSON et CSV. La première partie de ce projet répond à un besoin spécifique d'intégration des données des SNO PHYTOBS et BenthOBS dans le portail intégratif ILICO affiliés à l'infrastructure de recherche ILICO, et le portail d'accès aux données du pôle ODATIS et Data Terra, en permettant des extractions de données de manière granulaire, offrant ainsi une plus grande flexibilité dans la manipulation des données et une possibilité d'exploration plus fine des informations.
Visualisation des données extraites: l'interface utilisateur Web ergonomique utilisera des formulaires pour la sélection de divers critères tels que la localisation, l'intervalle temporel et les paramètres d'intérêt, offrant ainsi un choix entre le téléchargement des données correspondant aux critères sélectionnés et des visualisations graphiques de l'évolution de ces paramètres. Cette interface permettra en particulier de répondre au besoin de visualisation/extraction simultanée de plusieurs paramètres tels que les taxons et les groupes taxonomiques, fonctionnalité absente des versions actuelles des portails d'accès aux données des SNO PHYTOBS et BenthOBS.