Détails de l'évènement
ECOInfo-FAIR 2020
Dans le cadre de l'infrastructure de recherche "Pôle national des données de biodiversité" (PNDB), les réflexions et actions en cours sur les aspects FAIRisation de la donnée, mais plus généralement des objets de recherche en écologie, proposent la mise en place de produits et services, autour de la donnée de biodiversité, "aussi FAIR et open que possible".
Le PNDB organise une seconde action ouverte à tous de type atelier de travail / "collaboration fest" incluant un aspect formations introductives.
Programme Prévisionnel
Une première demi-journée de présentation/formation introductive puis un grand temps d'échange ( sur ~2 jours) de travail en petits groupes.
Matin 19 : Intro ( 11h- 12h)
Après-midi 19 : plusieurs intervenants (13h-18h) :
- Aspect outils "génériques" de développement en écologie, orienté R
- Formation rapide introductive à GIT et github
- Bonnes pratiques de travail avec R / science reproductible / workflow / package via R, RStudio et Shiny
- Formation rapide introductive à Docker avec application en SIG - Aspect Métadonnées
- Formation rapide introductive à l'EML
- Aspect Analyse de données
- Formation rapide introductive à dev Galaxy dont conda
Matin 20 (9h) -> Après-midi 21 (16h) : Travail en petits groupes / Hackathon / Collaboration Fest
Sujets potentiels
- développements "métadonnées" liés aux standards utilisés en écologie (Darwin-core / EML / ISO19115 / ISO19110...) et/ou aux catalogues de données/métadonnées (GeoNetwork/Metacat/Dataverse/Zenodo...)
- développement de scripts R en mode function / package
- développement d'applications R Shiny
- containerisation d'applications R Shiny pour intégration dans Galaxy
- développement d'outils Galaxy à partir de scripts R
- développement de matériels de formation 'e-learning" via l'infrastructure du Galaxy Training Network
